其後，督師孫承宗令其修築甯遠，甯遠之戰甯錦之戰兩次佐守甯遠戰事功。

崇祯元（），袁崇煥督師遼東，擢其為鋒總兵，挂征遼鋒将軍印，駐錦州。

崇祯（），後汗皇太極入塞攻，直逼京，祖壽随袁崇煥入衛。袁崇煥獄後，驚懼之度關，孫承宗派将其召回。

次取得遵永捷，收複灤州、遵化、永平、遷。

崇祯（），督兵修築淩，皇太極率兵圍困，祖壽援兵潰敗、糧竭況得已投後，旋即回歸朝。

松錦戰，堅守錦州兩之久，于崇祯（）再次力屈清。清廷仍任命為總兵，隸漢軍正黃旗，但未予兵權。清順治元（），祖壽從爾衮入關，順治（）世，贈鎮國将軍。

祖壽戎馬倥偬，波瀾壯闊，其所指揮關甯軍堅守關甯錦防線，抵抗後（清），兩次投（尤其淩之）都為後（清）輸送批将領，清易代過程具舉輕位。

王晨："漢軍正黃旗總兵祖壽，更吳桂舅，言刻響着甥，梁正梁歪闆釘釘。"

"抗倭名将祖承訓泉自己兒子們如此叛逆，估計得氣得把無常殿給砸。"

祖壽軍事涯很長，從萬曆朝鮮戰争直到松錦之戰，長達之久，先後與本、蒙古、女真交，經百戰。

從後興起時就參加抗，孫承宗、袁崇煥領導構築關甯錦防線并此堅守，也抵抗後（清）最久朝将領。

參與過對後（清）戰事至遼沈之戰、廣甯之戰、甯遠之戰、甯錦之戰、己巳之變、遵永捷、淩之戰、丙子之變、戊寅之變、松錦之戰等，其隻遵永捷挂帥指揮并取得完勝戰役。

由于孫承宗、袁崇煥奉“以遼守遼”政策，而祖壽作為遼将，僅能戰，還具很強溝通協調能力，隻将士現争端，由面就能解決，而且與士卒同甘共苦，當時邊将難能貴，因而得到袁崇煥器，得以迅速崛起，崇祯間成為關甯軍統帥。

到淩之戰，孫承宗稱祖壽所領關甯軍“實為雄銳，其動定便關輕”。

到崇祯（），祖壽共統領營、萬千馬步兵。

關甯軍僅負責抵禦清軍，還祖樂、祖寬等被調入鎮壓農民起義，被盧象譽為“最勁，殺賊亦最”。

正因為如此，祖壽才成為崇祯帝敢輕動、皇太極極力争取對象，着末遼東戰局向。

松錦之戰時，祖壽軍隊從錦州頭向發炮，洪承疇軍隊則由向發炮，清将爾衮受到夾擊，差點被擊斃。

祖壽投後，爾衮向談及當時險狀，祖壽說：“果此事？如炮擊王騎，後果堪設！”

後來成為攝政王爾衮對諸學士說：“當時兩仇相敵，唯恐打，祖壽言由衷，實笑！”